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« Nous avons besoin de recueillir les selles de 100.000 personnes pour une cartographie du microbiote »

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« Montre-moi ton microbiote, je te dirai si tu es en bonne santé. Et si tu le resteras ». Aujourd’hui qualifié de deuxième cerveau, notre microbiote intestinal est un véritable reflet de notre état de santé général. Composé de milliards de bactéries, il n’a toutefois pas dévoilé ses nombreux secrets. Et c’est ce que va tenter de percer Le French Gut, un projet de recherche porté par l’INRAE et réalisé en collaboration avec l’AP-HP.

L’objectif : « Cartographier le microbiote intestinal en France pour mieux définir sa composition, explique à 20 Minutes Joël Doré, directeur de recherche spécialiste du microbiote à l’INRAE et coordinateur scientifique du French Gut. Et analyser le lien entre ses variations et le développement de certaines maladies ». Mais pour y parvenir, les scientifiques ont besoin de matière. Ils lancent ainsi un appel aux dons visant à collecter « un échantillon de selles et les données nutritionnelles et cliniques de 100.000 volontaires dans les cinq prochaines années », poursuit Joël Doré, qui étudie le microbiote depuis plus de quarante ans. Il répond à 20 Minutes.

Pourquoi le French Gut a-t-il besoin des échantillons de selles de 100.000 individus ? Pourquoi autant ?

La connaissance sur le microbiote a énormément progressé ces vingt dernières années. Et aujourd’hui, de la même manière qu’on a appris à séquencer le génome humain, nous entreprenons le séquençage de l’intégralité des gènes et micro-organismes qui constituent notre microbiote intestinal. Nous sommes des êtres microbiens, avec un microbiote au niveau de nos intestins, de nos poumons, de la sphère urogénitale ou de la peau. On est en interaction permanente avec 50.000 milliards de bactéries et de microbes.

Et le microbiote intestinal est en dialogue avec la totalité de notre organisme. Or, il nous reste énormément à découvrir sur lui, ou plutôt sur eux : on a pu constater que dans la population générale en bonne santé, il y a une hétérogénéité assez incroyable du microbiote intestinal, avec presque autant de microbiotes uniques que d’individus. Cette connaissance en construction a besoin d’être étayée par une très large base de référence.

Le French Gut est un projet unique, ouvert à des individus en bonne santé, mais aussi en collaboration avec des médecins pour intégrer des cohortes de patients ayant des maladies chroniques, afin d’avoir un panel représentatif. Il s’agit d’étudier le rôle de l’alimentation, de la pollution et d’un ensemble de facteurs sur le microbiote.

Ce projet vise notamment à modéliser et prévoir les changements du microbiote intestinal associés aux maladies. Cela signifie-t-il qu’avoir un microbiote faible ou déséquilibré ouvre la voie au développement de certaines pathologies ?

Absolument ! Le taux d’incidence des pathologies de nos sociétés modernes a explosé depuis trois générations, sans que l’on n’ait aucun contrôle. Or, le microbiote joue un très un grand rôle : s’il est sain, il peut constituer un bouclier protecteur contre un ensemble de maladies. Mais s’il est faible ou en dysbiose, il peut causer une perméabilité intestinale, ce qui va générer inflammation, stress oxydatif et baisse d’immunité.

S’amorce alors un cercle vicieux qui fait du microbiote un facteur favorisant le développement de nombreuses maladies chroniques : les MICI (maladies inflammatoires chroniques de l’intestin), les maladies métaboliques comme le diabète ou l’obésité, mais aussi certains cancers et nombre de maladies neurologiques.

L’un des axes du French Gut portera ainsi sur l’étude du lien entre microbiote intestinal et maladies chroniques, mais aussi les troubles neuro-développementaux tels que l’autisme, la schizophrénie et la bipolarité, ou avec des maladies neurodégénératives telles que Parkinson.

En réalisant cette cartographie du microbiote, peut-on espérer en faire un outil de prévention santé ? Voire un médicament ?

Ce projet a vocation à développer le diagnostic et l’optimisation thérapeutique : le microbiote peut être un outil prédictif. Dans le traitement du cancer, on a mis en évidence que certains microbiotes faibles ou déséquilibrés sont prédictifs de la non-réponse à l’immunothérapie. Sur le terrain de l’obésité, les patients ayant un microbiote particulièrement appauvri ne parviendront généralement pas à réguler leur poids, ni à améliorer leur inflammation ou réduire leurs symptômes de diabète.

Cela signifie donc qu’il y a un volet d’innovation thérapeutique à développer : on va pouvoir utiliser le microbiote soit comme un levier, soit comme une sorte de médicament. On pense pouvoir aller jusqu’à la démarche de transfert de microbiote d’un individu sain vers un individu malade pour transformer un patient non répondeur à un traitement en répondeur.

On peut donc penser que face à certaines maladies, prendre en compte la composante du microbiote intestinal pourrait aboutir à plus d’efficacité et de performance dans les démarches thérapeutiques. C’est hypothétique, même s’il y a déjà quelques domaines dans lesquels cela avance. C’est déjà une réalité sur le terrain de la lutte contre les MICI, comme la maladie de Crohn ou la rectocolite hémorragique, où le transfert de microbiote fécal d’un individu en bonne santé permet au patient greffé de se reconstruire un microbiote intestinal en symbiose. Il agit comme un médicament, avec une grande amélioration des symptômes de la maladie.

Comment peut-on agir sur la qualité de notre microbiote, ? Et comment chacun et chacune peut apporter sa « contribution » à la science ?

Le French Gut a pour vocation d’aller vers une nutrition préventive personnalisée, d’apporter des recommandations permettant d’assurer ou restaurer un microbiote dont la composition, la richesse et la diversité le rendent plus favorable au maintien de la bonne santé, pour en faire un mécanisme de prévention des maladies chroniques. Car tout est lié : microbiote et système immunitaire sont des miroirs qui interagissent en permanence.

Chacun peut contribuer en répondant à notre appel aux dons. C’est une démarche assez taboue, de demander aux gens d’autocollecter un échantillon de leurs selles. Mais l’intérêt du grand public pour le microbiote fait qu’il y a un engouement Et c’est très simple, il suffit d’être majeur et d’aller sur notre site LeFrenchGut, de vérifier son éligibilité (ne pas avoir pris d’antibiotiques récemment) et remplir un questionnaire d’une quinzaine de minutes, avant de recevoir un kit d’autocollecte à renvoyer par la poste dans un liquide de stabilisation. L’échantillon sera soumis à séquençage, et rejoindra notre base de référence.

Le French Gut s’inscrit dans un projet international, le « Million microbiomes of humans », qui vise à cartographier un million de microbiotes humains et constituer la plus grande base de données au monde.

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